植物代谢专题 | 如何利用多组学技术找出植物研究突破口-技术前沿-资讯-生物在线

植物代谢专题 | 如何利用多组学技术找出植物研究突破口

作者:上海中科新生命生物科技有限公司 2022-08-24T17:19 (访问量:3511)

le="box-sizing: border-box; outline: 0px;">【影响因子】10.588
【发表期刊】Journal of Hazardous Materials
【发表时间】2022
【实验路线】
步骤1:PSNPs处理对香榧幼苗生理生化指标的影响;
步骤2:PSNPs处理对香榧幼苗microRNAomic的影响;
步骤3:PSNPs处理对香榧幼苗蛋白组的影响;
步骤4:PSNPs处理对香榧幼苗代谢组的影响;
步骤5:PSNPs处理对萜类、苯丙素和类黄酮生物合成的影响。
总结】该文使用植物代谢组、蛋白组、转录组、microRNA测序等技术系统地研究了PSNPs对香榧(中国特有经济树种)幼苗的潜在毒性机制,研究表明PSNPs处理对香榧幼苗一系列化学和遗传指标均有重要影响。比如PSNPs促进了TBARS含量和CAT、POD活性,降低了铁、硫和锌的浓度,PSNPs通过调节小RNA表达和蛋白水平来调节萜类和类黄酮的生物合成途径,该研究为纳米塑料对森林植物生长的影响提供了新的见解。


5.植物代谢组+微生物组+转录组

【文章题目】Plant flavones enrich rhizosphere Oxalobacteraceae to improve maize performance under nitrogen deprivation
植物黄酮类分泌物通过在根际富集草酸杆菌以改善玉米的缺氮性状
【影响因子】17.352
【发表期刊】Nature Plants
【发表时间】2021
【实验路线】
步骤1:沿纵向根轴的发育梯度在其转录组学结果中有所不同;
步骤2:根际细菌群落组成沿根纵轴移动,而真菌群落组成则不移动;
步骤3:沿纵向根区的根系转录组与根际微生物组的关联分析;
步骤4:根转录组和根际微生物组的基因型依赖性变化与植物性能同步;
步骤5:类黄酮成分与根际微生物群组成和玉米生长特性一致;
步骤6:植物黄酮介导根际细菌类群的特异性变化,影响土壤中氮的捕获
步骤7:黄酮条件下的根际微生物群足以恢复 lrt1 性能
步骤8:草杆菌科分离株对侧根形成和植株生长的影响依赖于LRT1
总结该文使用多组学技术研究了缺氮条件下玉米根系结构与特定的功能微生物群落之间的反馈调节机制。研究发现玉米根系纵向发育区域的功能特性与特定的微生物多样性相关;黄酮类根系分泌物可驱动玉米根际富集草酸杆菌,从而促进玉米生长与氮素吸收;在缺氮条件下,协调玉米根系与黄酮依赖性根际微生物草酸杆菌之间相互作用的是突变体LRT1。研究揭示了玉米通过根系结构与根际特定微生物类群间的相互作用,从而改善玉米植株在缺氮下的性状。这一发现可能为通过调节作物与有益土壤微生物间的相互作用来开发高产高营养的作物开辟新的途径。

6.植物代谢组+空间代谢组+宏转录组

【文章题目】Novel metabolic interactions and environmental conditions mediate the boreal peatmoss-cyanobacteria mutualism
新的代谢相互作用和环境条件介导泥炭-蓝藻共生
【影响因子】11.217
【发表期刊】ISME Journal
【发表时间】2022
【实验路线】
步骤1:不同pH条件对泥炭藓-念珠藻共生关系的影响;
步骤2:代谢交叉喂养研究;
步骤3:空间代谢组学研究;
步骤4:宏转录组学研究。
总结该文使用交叉喂养的方法,通过空间代谢组、植物代谢组和宏转录组学来表征泥炭藓(Sphagnum)和念珠藻属蓝藻(Nostoc cyanobacteria)之间的共生关系,阐明了广泛存在的植物-蓝藻共生的环境、代谢和生理基础。研究发现海藻糖是泥炭藓释放的主要碳水化合物来源,而念珠藻与牛磺酸和磺乙酸等一起消耗了海藻糖。作为交换,念珠藻增加了嘌呤和氨基酸的分泌。该研究对预测泥炭地生态系统的碳和氮循环以及一般宿主-微生物相互作用的基础具有重要意义。 , le="box-sizing: border-box; outline: 0px;">【影响因子】10.588
【发表期刊】Journal of Hazardous Materials
【发表时间】2022
【实验路线】
步骤1:PSNPs处理对香榧幼苗生理生化指标的影响;
步骤2:PSNPs处理对香榧幼苗microRNAomic的影响;
步骤3:PSNPs处理对香榧幼苗蛋白组的影响;
步骤4:PSNPs处理对香榧幼苗代谢组的影响;
步骤5:PSNPs处理对萜类、苯丙素和类黄酮生物合成的影响。
总结】该文使用植物代谢组、蛋白组、转录组、microRNA测序等技术系统地研究了PSNPs对香榧(中国特有经济树种)幼苗的潜在毒性机制,研究表明PSNPs处理对香榧幼苗一系列化学和遗传指标均有重要影响。比如PSNPs促进了TBARS含量和CAT、POD活性,降低了铁、硫和锌的浓度,PSNPs通过调节小RNA表达和蛋白水平来调节萜类和类黄酮的生物合成途径,该研究为纳米塑料对森林植物生长的影响提供了新的见解。


5.植物代谢组+微生物组+转录组

【文章题目】Plant flavones enrich rhizosphere Oxalobacteraceae to improve maize performance under nitrogen deprivation
植物黄酮类分泌物通过在根际富集草酸杆菌以改善玉米的缺氮性状
【影响因子】17.352
【发表期刊】Nature Plants
【发表时间】2021
【实验路线】
步骤1:沿纵向根轴的发育梯度在其转录组学结果中有所不同;
步骤2:根际细菌群落组成沿根纵轴移动,而真菌群落组成则不移动;
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