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Flex应用样本
• FFPE样本，医院病理科大量存档样本，进行回顾性研究。
• 某些传染类疾病样本，由于运输和实验条件限制不便于取新鲜样本，可固定后送样检测。（附：细胞/核固定操作流程）
• 准确获取样本瞬时基因表达谱“微量”变化，实验处理/药物治疗的不同时间及不同发育时间组等。新鲜组织解离过程容易诱导应激基因的表达，或随着处理时间的延长而导致转录表达谱发生变化，引起细胞转录模式发生“人为改变”。尤其对于一些解离时间较长和基因表达变化迅速的组织。
• 与FFPE空间转录组联合，极大开拓了FFPE样本的利用空间。
• 某些新鲜或冰冻样本质检结果差，无法满足常规实验要求的样本。
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Flex亮点
• 探针捕获更灵敏，分析数千个至数十万个细胞或细胞核的基因表达，捕获人类或小鼠全转录组，可检测低表达基因。
• 兼容不同样本类型，将单细胞分析扩展到临床试验或其他转化研究所使用的FFPE组织并附带针对不同样本类型而优化的示范方案，包括细胞系、原代细胞以及含有脆弱细胞的解离组织。
• 锁定细胞瞬时状态，准确获取样本瞬时基因表达谱“微量”变化。
• 细胞捕获率高达65% ，多细胞（multiplets）比例低，每1,000个细胞仅为0.8%，满负荷上样时每个样本的多细胞比例不超过8%。
• 减少批次效应，在不折损数据质量的情况下保存样本，实现在同一次运行中批量分析样本，并最大限度减少实验可变性。
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送样建议
• 优先寄送蜡块，要求被包埋组织体积>0.5cm3，蜡块密封后4度避光保存和运输。如不方便提供蜡块，可切石蜡卷寄送。
• 石蜡卷要求：25μm或50μm厚度石蜡切片3卷以上，蜡卷被包埋组织横截面积＞0.3cm2，现切现用（4度最多保存一周），厚度不可小于25μm，石蜡卷置于1.5ml EP管内，密封后4度避光保存和运输，保证石蜡卷完整不破碎。石蜡卷如破碎较为严重，说明样本脆性较大，会影响样本质量。注：某些组织类型由于同等体积下细胞数量较少，可能需要提供更多蜡卷，例如穿刺样本、脂肪组织、肺癌、心肌等。
• FFPE保存年限：无明确年限要求，10X已测试1-11年FFPE，已有文献表明相对于保存时间，固定时间对RNA质量影响更大（Trinks A，2024）。
• 石蜡样本后续需经过DV200质控，DV200≥30%的样本继续进行细胞核解离操作，细胞核产量需≥30万，背景干净杂质少，核膜完整度>80%，结团率<10%；合格样本，可继续进行后续单细胞测序实验。